Первые сведения о Никольском-Урюпине относятся к 1621 г., когда оно было пожаловано в поместье боярину, князю Ивану Никитичу Одоевскому Меньшому. В 1638 г. в селе был поставлен деревянный храм. В 1664-1665 гг. по заказу владельца усадьбы боярина А. И. Одоевского крепостным зодчим Павлом Потехиным выстраивается нарядная каменная церковь во имя свт. Николая. Фасады церкви были богато украшены тесанными из кирпича архитектурными деталями и керамическими вставками.
В 1840 г. настенную звонницу церкви заменили колокольней, обновлено также убранство приделов, которых в храме было четыре: в честь Казанской иконы Божией Матери; во имя кн. мч. Михаила Черниговского и боярина Феодора; прмц. Евдокии; мчч. Фотия и Аникиты.
В 1809-1811 гг. при Голицыных в усадьбе был построен большой новый дом, который являлся обычной типовой усадебной постройкой начала XIX в. Голицыны владели усадьбой до 1917 г. В настоящее время усадебный дом заброшен и разрушен.
Храм закрыли в 1939 г. Помещение использовалось под различные нужды. В 1991 г. Никольскую церковь вернули верующим и в ней начались богослужения. В настоящее время храм восстановлен.