В XV-XVI вв. Козино «на суходеле» Московского уезда принадлежало боярскому роду Вельских, затем оно было передано Новодевичьему монастырю. В 1584 г. в Козине уже существовала деревянная церковь во имя свт. Иоанна Златоуста. В 1644 г. была построена новая деревянная церковь. В конце XVIII в. при Екатерине II монастырская земля стала государственной. В 1866 г. тщанием прихожан и усердием купца Павла Цурикова построен каменный храм с колокольней.
В годы гонений на Церковь храм закрыли. Во время войны в помещении храма размещался опорный пункт генерала Белобородова. Много воинов полегло на этом месте. В 1960-х гг. храм взорвали. Сейчас на этом святом месте совершаются службы во временной деревянной церкви.