28 июня 2002 г. в Центральном военном клиническом госпитале им. А. А. Вишневского № 3 была основана церковь во имя свт. Луки (Войно-Ясенецкого), архиепископа Крымского. Инициатива строительства здесь православного храма принадлежала начальнику госпиталя генерал-майору медицинской службы Ю. В. Немытину.
Чин основания храма совершил митрополит Ювеналий в сослужении клириков Красногорского благочиния.
Первоначально богослужения проводились во временно предоставленном помещении госпиталя.
Кирпичный храм на территории госпиталя был сооружён в 2002-2007 гг.